继续教育学院下设三个职能办公室：

一、综合办公室：

　　主管继续教育学院职能部门行政事务、对外联络与接待、信息接受与发布、行政资料及档案，成人学士学位外语考试的报考与考务工作等。

二、学历教育办公室：

　　负责全院成人本、专科高等学历教育工作。制定本院成人高等学历教育的政策及规章制度；落实省考院招生计划，开展相关的招生宣传、教学管理、学籍管理、毕业审定、证书发放等工作；组织在校生及社会考生自考的报名报考、毕业手续办理、学士学位申请及证书发放等；做好福建师范大学现代远程教育招生、学籍及教学管理、学士学位申请申报等工作。

三、非学历教育办公室：

　　负责全校各类非学历教育的政策及规章制度制定；承担国培计划及省、市级中小学骨干教师培训，全市中学校长、教育行政干部培训，中学教师全员职务培训及各种短期培训；组织相关系（部）制定、落实培训方案；实施非学历教育教学评估及教学监督、检查；发放非学历教育结业证书等工作。